早期預防、早期診斷并精心治療是減少術后并發癥的先決條件。并發癥主要是吻合口瘺、狹窄、瘺復發，尤其應注意吻合口瘺的防治，因它是術后最常見和最危險的并發癥。常見的并發癥：
1.肺炎。
2.氣胸。
3.食管穿孔，常因食管吻合口感染破潰穿孔。
4.胸腔積液或化膿性胸膜炎，需行閉式引流。
5.食管吻合口及胃、腸瘺。
6.食管氣管瘺復發，術后有以下癥狀時應疑為瘺的復發：進食后咳嗽、窒息及發紺，唾液增多；吞咽困難合并腹脹，反復發作性肺 炎，全身情況每況愈下，體重不增。
7.吻合口狹窄，預防方法可在術后早期(10～14 天)開始擴張食管，或局部注射激素。
8.遠期合并癥，如氣管軟化、胃食管反流性疾病、支氣管炎及體力智力低下、胸部畸形和乳房不對稱等均與發育畸形有關。肺功能異常發生率較高，是繼發于反復發作的胃食管反流所致。Filler(1976)和Schuartz(1980)均采用主動脈固定術，即將主動脈弓水平部縫合固定于胸骨后，治療因本病術后發生氣管軟化、呼吸困難的患兒，迄今報告大部分病例獲得了成功。
