氟化物在現代科技中有重要應用。氫氟酸是制取的最重要的氟化物，主要用于氟代烴和鋁氟化物的生產。此外，氫氟酸還有很多特別的應用，如利用它來溶解玻璃。
有機合成
含氟試劑在有機合成中有很重要的地位。由于硅對氟有較大的親合力，且硅有擴展其配位數的傾向，現實中常用氟化物來脫去硅醚保護基。例如氟化鈉、四丁基氟化銨（TBAF）和氟化銫等。
酶抑制劑
生物化學中，氟化物常被用為酶抑制劑，通常用于抑制磷酸酶，例如絲氨酸/蘇氨酸磷酸酶。 其機理可能是替換了酶活性位點中親核性的氫氧根。氟化鈹和氟化鋁結構上與磷酸根相類似，其中間體可與反應的過渡態構型相競爭，因此都可用作酶抑制劑。
無機材料
六氟化硫是個惰性、無毒的絕緣氣體，常用在變壓器中。由于氣體擴散速率不同，六氟化鈾被用于分離鈾-235和鈾-238，而鈾-235是核裂變的原料。
含氟聚合物
含氟聚合物，例如聚四氟乙烯，特富龍，是化學惰性且對生物無害的材料，應用于外科植入物材料中，譬如冠狀動脈搭橋手術中， 以及作為整容和重建外科中軟組織的替代品。它也是不粘鍋涂層和Gore-Tex公司戶外防水透氣型布料的主要材料。
口腔病防治
含氟化合物被用于預防齲齒、飲水加氟及其他口腔衛生產品中。起初是用氟化鈉來為飲用水加氟，但后來逐漸被氟硅酸（H2SiF6）及其鹽氟硅酸鈉（Na2SiF6）代替，尤其是在美國。飲水加氟可以預防齲齒，并被美國疾病控制與預防中心（CDC）認為是“20世紀10大公共健康成就之一”。然而在一些集中供水系統并不發達的國家，政府則采用對食鹽加氟的方法來補充氟。