酶的活性位點通常是蛋白質表面一個能夠讓底物結合和嵌入的凹陷或裂隙，底物通常通過不同的相互反應結合位點上與現存的氨基酸結合，如：氫鍵、離子鍵、范德華力相互作用或偶極-偶極相互作用。例如，底物可能通過氫鍵結合在絲氨酸殘基上，也可通過離子鍵結合在天冬氨酸殘基上，或通過范德華力結合在苯丙氨酸殘基上。這些結合作用必須足夠大才能使底物在酶催化反應中與受體充分結合，但一旦有產物生成，這些結合作用減弱以保證產物能解離出來。
由于過量的鍵合反應存在，可造成酶抑制劑粘附在結合位點并鎖住此位點，這對與酶抑制劑的設計是非常重要的。