實時熒光定量PCR擴增曲線包括基線期，指數擴增期，線性擴增期和擴增平臺期，標準的曲線應該呈典型的S型。
不規則曲線可以根據曲線的具體情況來分析：
1）曲線呈斜線上升
原因：熱蓋失靈或熱蓋沒蓋緊，導致控溫不準、液體揮發。
解決辦法:更換儀器熱蓋或將熱蓋蓋緊。
圖1 曲線呈斜線上升
2）擴增曲線分成兩段（斷裂）
圖2擴增曲線分成兩段（斷裂）
原因：基線的終點大于Ct值，通常是因為模板DNA濃度偏高，CT值< 15，而基線仍然取3-15，其中包含部分擴增信號，導致曲線被壓下去。
解決方法：減小基線終點，至Ct值前4個循環，重新分析數據。
3）直線擴增曲線
圖3 某些樣本出現直線擴增曲線
原因：探針部分降解
解決辦法:建議更換試劑進行測試。
4）曲線平臺期下掉
原因：蓋子沒蓋緊
解決辦法:PCR反應管蓋子蓋上后，檢查蓋子是否蓋緊。
圖4
曲線平臺期下掉