沉淀蛋白質的方法主要有：鹽析、有機溶劑、生物堿試劑、重金屬鹽、加熱凝固。
分析如下：
（1）鹽析破壞蛋白質的水化膜和電荷，采用不同濃度鹽可將不同的蛋白質分段析出，鹽析的蛋白質不變性，鹽析作用是可逆的。（2）有機溶劑可破壞蛋白質的水化膜，若調節pH=pI，則更易沉淀。低溫操作，快速分離溶劑不會使蛋白質變性，而常溫操作，蛋白質易變性。（3）沉淀生物堿試劑：鎢酸、三氯乙酸等的酸根與帶正電荷的蛋白質結合沉淀，會使蛋白質變性。（4）重金屬離子可與帶負電荷的蛋白質結合沉淀，會使蛋白質變性。（5）在等電點加熱蛋白質可形成凝塊沉淀，會使蛋白質變性。