蛋白質的分離純化是研究蛋白質結構和功能的重要手段，也是制備工業用酶、抗體、疫苗、基因重組藥物等的唯一途徑。蛋白純化的方法多種多樣。常用的有以下幾種方案：基于蛋白質的溶解度不同設計的鹽析或等電點沉淀方法；基于蛋白質分子量差異的透析與超濾或凝膠過濾方法；基于蛋白質所帶電荷不同設計的等電聚焦電泳或離子交換層析方法；以及利用特異性配體與目的蛋白結合的親和層析法等等。相對核酸純化而言，不同蛋白質的特性千差萬別，摸索純化條件往往是一項艱難而繁復的工作。
親和層析是利用生物分子間的親和吸附和解離而設計的層析方法，具有操作簡單、條件溫和、獲得的蛋白純度高等特點，特別適合于活性蛋白質的純化，并且對表達量低的活性蛋白也具有良好的分離效果。常用的親和層析基質包括：專門針對抗體的蛋白A或蛋白G親和基質，針對生長因子和核酸結合蛋白的肝素型親和基質，用于純化含有標簽的融合蛋白親和基質，以及結合了特異性抗體的親和基質等。隨著基因重組表達技術的廣泛應用，將目的蛋白與親和純化標簽進行融合表達，再通過親和層析法純化出目的蛋白，已成為實驗室最常用的一項技術。
GenStar公司提供兩類瓊脂糖親和吸附基質，用于親和層析柱的制備。一類為用于純化帶有His或GST標簽的融合蛋白的金屬鎳基質或GSH基質；另一類為用于純化多種來源的抗體以及免疫復合物的蛋白A和蛋白G交聯瓊脂糖親和吸附基質。由于蛋白A和蛋白G對于不同種屬或亞型的抗體吸附能力不同，請參照表6.1選用合適的純化基質。當無法判別抗體來源或亞型時，可采用蛋白A/G雙重交聯基質，免去摸索純化條件所浪費的時間和材料。
Protein A和Protein G對各型抗體的相對結合力比較
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