A.擴增效率過高
出現非特異擴增或引物二聚體：反應體系內模板濃度太高以及模板核酸質量較差，可能導致出現抑制PCR反應的現象。在絕對定量時表現擴增效率大于110%。
解決方案：去除模板濃度最高的反應孔并重新分析標準曲線；對目的基因做標準曲線，一般用質粒做梯度稀釋，或用PCR產物做梯度稀釋，然后做定量擴增，通過曲線評估反應效率。絕對定量有效的擴增效率在 90%-110%；重新純化模板，去除模板中存在的潛在抑制物。
B.擴增效率過低
擴增效率過低主要表現在試劑濃度不適（主要是引物、鎂和Taq DNA聚合酶，尤其是在多重實驗中），引物對Tm之間的差異超過5°C以及熱循環條件不適，試管中各種同源物質的競爭作用可造成反應效率低下。絕對定量表現：擴增效率＜90%。
解決方案：對上述因素逐一排除后進行調整優化實驗體系或選用Biog、ABI等質量比較穩定的試劑盒。
C.個別擴增曲線異常
如個別擴增曲線突然驟降：反應管內留有氣泡，由于溫度升高后氣泡破裂，使儀器檢測到的熒光值突然降低所致。進行擴增反應之前要仔細檢查反應管內是否有氣泡殘留。
儀器設置不當引起的曲線異常：基線設置不當，如擴增曲線斷裂或下滑：基線的終點值大于Ct值。減小基線終點 (Ct 值- 4)，重新分析數據。
Rox添加不當：表現為擴增曲線呈鋸齒狀且不連續，需校正參比染料。