1.免疫缺陷性感染 移植后患者處于嚴重粒細胞缺乏和免疫缺陷狀態，移植后1月內以粒細胞缺乏最突出，此期以細菌性感染為常見，尤其是革蘭陰性桿菌敗血癥多見，真菌感染也可發生，此期患者應住入層流病房給予環境保護。免疫功能需一年或更長的時間才能完全恢復，移植后3月～1年內，威脅生命的感染主要來自病毒，尤其以巨細胞病毒引起的間質性肺炎最嚴重，亦可有細菌、真菌和寄生蟲感染等。
2.間質性肺炎 發生間質性肺炎的中位時間是移植后60天，45%與巨細胞病毒（CMV）有關，15%由其他病毒引起，血清檢查CMV抗體陽性的受體，或接受CMV抗體陽性的供者供髓，則移植后發生CMV感染的機會較多。鑒于CMV間質性肺炎的病死率高，對CMV抗體陽性的患者，可在移植前－8天至－1天，靜滴丙環鳥苷（ganciclovir），5mg/（kg·d），qd，或膦甲酸鈉（Foscarnet），在移植后白細胞和血小板恢復后再用藥7～14天預防CMV間質性肺炎。如已發生了間質性肺炎，除使用上述抗病毒藥物，可加量靜滴丙環鳥苷至5mg/kg，q12h，此外，還可使用抗CMV免疫球蛋白。
3.肝靜脈閉塞癥（veno-occlusive disease，VOD） 為肝內小靜脈阻塞伴小葉中心及竇狀隙周圍肝細胞損傷，竇狀隙血流減慢而引起的綜合征，發生率30%左右。發病機制不清楚，多認為是高劑量放、化療所致血管內皮細胞損傷，導致免疫、炎癥和凝血機制等多因素異常的病理生理過程。臨床表現為肝腫大、黃疸、腹水及體重增加。重癥VOD病程險惡，可伴有腦病，死亡率高，多臟器功能衰竭系主要死因。VOD應以預防為主，常用前列腺素E1，100mg靜滴，q12h。治療仍主要以前列腺素E1靜滴，血漿擴容維持有效血流量，多巴胺改善腎血流灌注，適當利尿，保持水電解質平衡等。患者應每日測量體重、腹圍。的生存期平均3～4年，病程雖緩慢，但用化療方法無根治的可能。因此，骨髓移植所取得的療效較常規化療為佳。對淋巴瘤及其他實體瘤應用自體骨髓移植亦可達到根治的目的。