包括梗阻性黃疸如總膽管結石總膽管瘤胰頭及膽管狹窄等主要鑒別方法為膽道造影應與下列疾病鑒別：
1.慢性活動性肝炎
凡抗線粒體抗體陽性伴有膽淤及組織學上有膽管異常者應首先除外慢活肝我國慢活肝膽淤型較PBC多見短期皮質激素治療的效果觀察有助于區別這兩種病
2.硬化性膽管炎
此病少見主要累及大膽管上述免疫標志物陰性且多有細菌感染性發熱膽管系統造影可幫助鑒別
3.藥物引起的黃疸
如氯丙嗪甲基睪丸酮磺胺砷制劑等多由個體過敏引起有服藥史在服藥后數周之內發病黃疸可持續數年常伴血嗜酸細胞增高肝活檢沒有典型的PBC組織學表現