膽汁反流性胃炎的病因主要為胃大部切除、胃空腸吻合術后，以及幽門功能失常和慢性膽道疾病，細菌（尤其是幽門螺桿菌）感染、胃酸、膽汁等損害胃黏膜造成炎癥，增加胃泌素釋放，影響胃十二指腸動力，導致胃-幽門-十二指腸協調運動失調，引起十二指腸逆蠕動增加、幽門關閉功能減弱、胃排空延遲,使得十二指腸內容物過量反流入胃。
任何導致胃腸動力的紊亂，如胃腸神經肽和激素水平異常可使胃腸道運動紊亂，解剖異常的因素，如原發性幽門括約肌功能障礙可使幽門開放時間延長、幽門松弛或持續開放狀態，均可發生病理性十二指腸胃反流。
