肺炎衣原體呼吸道感染是世界各地廣泛存在的常見病，引起地方性和流行性肺炎，無顯著的性別和地區差異，一年四季均可發生，幾乎每人一生中均受過感染，而且常常反復感染；感染是雙峰分布，第一個高峰在8-9歲，第二個高峰在70歲。潛伏期約10-65天。
肺炎衣原體的感染具有散發和流行交替出現的周期性，散發通常持續3-4年，有2-3年的流行期，在流行期間可有數月的短暫爆發發生。病人之間傳播間隔期平均為30天，在密集人群中流行可持續6個月。無癥狀的感染者在本病的傳播上比病人更為重要。各國有報道的人群既往感染，芬蘭為59-65%，以色列51.3%，匈牙利46.5-75.2%，德國64.9%，美國50%，瑞典40-60%，日本67.6%，耶路撒冷68.7-84.5%。臨床急性呼吸道感染中12%的肺炎、5%的支氣管炎和1%的咽炎與肺炎衣原體有關。我國關于肺炎衣原體感染的流行病學調查才剛剛開始,既往感染在北京地區高達90%，南京地區70%，由肺炎衣原體引起的急性感染在北京占肺炎13.3%，支氣管炎7.4%，在南京占肺炎的15%，支氣管炎的13%。
一般認為肺炎衣原體感染與鳥類及其它動物無關，人是肺炎衣原體的然宿主。肺炎衣原體在硬天塑料表面能存活30小時，在草紙上能存活12小時，在手上存活時間僅10-15分鐘。因此，肺炎衣原體的傳播方式可能主要是人-人通過飛沫傳播，也可從環境中接觸后通過手自體接種，其預防措施應與其他呼吸道傳染性疾病相同，如流行期不要在人群密集的地方停留時間過長，經常洗手等等。
肺炎衣原體目前還沒有疫苗用于免疫接種。