患者完全沒有癥狀，未意識到有杵狀指。在出現杵狀指之前即有明顯的慢性骨骼疼痛，以酸痛為主，部位較深，常不能明確指出具體部位，無法堅持工作。杵狀指為最突出的臨床表現之一，指（趾）端呈球狀正常的甲周160度角度減小，手指在甲床基部厚度超過遠端指間關節的厚度，甲床基部周徑大于遠端指間關節的周徑。由于甲床軟組織增生和水腫，指甲觸診有一種“擺動感”。晚期皮膚增厚，指甲變彎，發紺，產生鼓槌樣畸形。部分患者手足增粗變厚，長度不增加而呈鏟狀或獸掌狀。
手足多汗，面部和頭皮的皮膚油膩多脂；有較多痤瘡，面容粗陋，前額及眉間皮膚增厚，額紋呈橫行深溝狀，眼距增寬，上眼瞼肥厚而下垂，鼻端肥大，鼻唇溝加深，上唇肥厚呈獅面外貌。頭皮增厚呈腦回狀皺襞粗大，溝嵴明顯，縱行走向。這種頭頂皮膚腦回樣改變稱為頭皮松垂癥。部分患者下肢呈非凹陷性水腫，類似于橡皮腿改變。一般來說原發性肥大性骨關節病皮膚改變比較突出，且較常出現。而繼發性肥大性骨關節病皮膚改變較少出現，癥狀體征亦較輕。
約半數患者出現關節疼痛腫脹、關節積液。以膝踝關節受累多見，尚可累及肘腕、掌指關節和跖趾關節，一般呈不對稱性，疼痛以夜間為主，表現為關節輕度酸痛乃至劇烈疼痛。體征包括關節局部發紅、發熱、觸痛腫脹、關節積液和活動受限，也有表現為無痛性關節積液。在沒有大量肌肉覆蓋的部位，由于長骨骨膜新骨形成，可致前臂或小腿日益增粗，腕及踝關節亦相應粗大。
除上述表現，肥大性骨關節病患者還可有乏力、男性乳房女性化、陰毛女性樣分布、骨髓纖維化、胃腸增生性病變及染色體異常等。