腸道病毒71型感染可引起多種臨床表現。在澳大利亞、瑞典和日本，主要表現為手、足、口腔病，通常發生于1～3天的前驅性發熱之后，未觀察到嚴重的中樞神經系統疾病。而1975年在保加利亞發生的腸道病毒71型流行中，則以無菌性腦膜炎為主，21%病例表現為類似于脊髓灰質炎的急性癱瘓。病情發展迅速，起病后10～30小時即出現癱瘓。約半數病例表現為腦炎或腦神經損害（延髓性麻痹）。在美國的羅徹斯特、紐約和日本、香港發生的小規模流行暴發中均觀察到手、足、口腔病與嚴重中樞神經系統感染可發生于腸道病毒71型的同一次流行之中。
其他較少見的臨床表現包括：全身性斑丘疹、心肌炎、傳染性多神經炎和上呼吸道炎。