在病因的探討上，綜合各家意見，主要病因集中在血栓形成、膜性狹窄和局部壓迫三方面。
血栓形成
BCS常常發生于各種血液凝固性增加的病人，其中報道最多的是真性紅細胞增多癥和其他髓增生性疾病。Wanless等報告一組145例尸檢資料，見真性紅細胞增多癥和不明原因髓增生性疾病有1/3伴有顯性門靜脈高壓。陣發性夜間血紅蛋白尿（PNH）也是BCS常見的原因之一。PNH伴發BCS的頻率為12%～27.3%。BCS在長期口服避孕藥的人群中發生較高。鄰近器官炎癥性病變如潰瘍性結腸炎和Crohn病屢有伴發BCS。總之，各種原因所致的血液凝固性升高，均可導致肝靜脈和（或）肝段下腔靜脈血栓形形形成。至于血栓形成為何偏偏發生在這個部位，迄今尚沒有滿意的解釋。
膜形成
1912年，Thompson和Turnbull在國外文獻中報道第1例肝段下腔靜脈膜性梗阻（MOVC），1950年，Bennett再次作了報道。此后，關于BCS時的MOVC在許多國家相繼作了大量報道。MOVC的發生是由于先天性病變，還是后天因素所致，目前仍有爭論。以往多數學者認為，MOVC是由于發育缺陷所致的先天性病變。如Hirooka根據病理解剖發現研究下腔靜脈和肝段的胚胎發育，提出組成下腔靜脈各部包括部分心臟、肝總靜脈、肝竇、右下主靜脈的上段和下段，如果在發育過程中異常融合或堵塞，可以解釋若干類型的病理變化。以后，Okuda對MOVC的先天發育學說提出了疑問；Terabagashi等報告一例狼瘡抗凝因子陽性病人，經動態觀察發現下腔靜脈血栓形形形成轉變了膜性梗阻，從而為MOVC的后天形成學說找到了證據。較為深入的研究表明，紅細胞生成素增加，紅系集落形成和狼瘡抗凝因子可能在血液凝固性增加-肝靜脈血栓形形形成-肝段下腔靜脈膜性梗阻-布-加綜合征中發揮重要作用。也有人提出蛋白C缺乏亦與BCS有關。
局部壓迫
鄰近臟器病變，包括炎癥、創傷、肝占位性病變或轉移性癌腫，壓迫或侵犯肝段下腔靜脈和肝靜脈，或是肝癌沿肝靜脈蔓延引起癌栓和血栓形成，造成阻塞。