類器官的來源廣泛，樣本材料經過不同方法處理后需要在體外進行培養，構建3D培養模型。不同細胞外基質可采用的培養方法也會存在差異，但都可以為類器官體外培養提供生長的微環境。其中VitroGel水凝膠為無動物源成分的功能性水凝膠，室溫下與細胞培養基或含離子成分的溶液混合即可成膠，類器官培養方法多樣；而目前使用較多的Matrigel或其它含動物源成分的基質膠，所有操作或者材料需要在冰上進行，且主要以圓頂（Dome）形式進行類器官培養。現對兩類細胞外基質用于類器官培養的操作方法進行比較：
2D包被培養
主要將細胞外基質先鋪板粘附凝固后再將細胞添加在表面，細胞會通過基質表面的孔徑滲入到內部，添加覆蓋培養基后培養形成類器官。
3D包裹培養
主要將細胞外基質與細胞懸液按一定比例混合，再轉移到培養皿中，待形成軟凝膠或固化后再添加覆蓋培養基進行培養形成類器官。
液滴式培養
主要利用VitroGel水凝膠的特性進行特有的類器官培養。水凝膠與細胞懸液混合后形成軟凝膠后，仍具有流變性和一定的剪切力，允許以液滴的形式滴加在培養基中培養形成類器官。
目前，類器官培養技術正處于技術爆發和科研成果井噴的階段，行業發展具有很大的前景，但挑戰也是并存的。例如，大多數類器官本身不具備血管化的結構；如何在體外模擬腫瘤類器官與免疫細胞相互作用關系；類器官的重復性和一致性；以及類器官下游應用的準確性等。總之，新的技術不斷涌現，助力再生醫學與精準醫療領域的研究更上一層樓。