1.輸尿管憩室
并發感染時同樣有尿頻、尿急、尿痛等尿路刺激癥狀，憩室較大時也可捫及包塊，但B超顯示囊性包塊在膀胱輪廓外。輸尿管下端的憩室可借B超、CT、MRI結合排泄性或逆行尿路造影，顯示憩室的部位，且憩室以上可見輸尿管擴張。
2.尿道憩室
同樣有兩段排尿，但膀胱造影和排尿性膀胱尿道造影可顯示膀胱內無憩室，尿道內有囊性腫塊，尿道鏡檢查顯示憩室開口在尿道而不是在膀胱。
3.前列腺增生癥
也可有分段排尿，部分患者可有假性憩室，但患者年齡偏大，癥狀以尿頻、尿急為主，尤其夜間尿頻。直腸指檢前列腺體積增大，中央溝變淺，B超、CT可顯示前列腺增大、隆起，患者尿流率異常。
4.重復膀胱
巨大膀胱憩室需與重復膀胱鑒別。B超及CT檢查顯示膀胱有完整的肌層和黏膜，經尿道造影和膀胱鏡檢查膀胱內有分隔或者是兩個完整的膀胱。