甲型H1N1流感的潛伏期，較流感、禽流感潛伏期長，潛伏期時長1～7天，多為1-3天。部分患者病情可迅速發展，來勢兇猛、突然高熱、體溫超過38℃，甚至繼發嚴重肺炎、急性呼吸窘迫綜合征、肺出血、胸腔積液、全身血細胞減少、腎功能衰竭、敗血癥、休克及瑞氏綜合征（Reye綜合征）、呼吸衰竭及多器官損傷，導致死亡。患者原有的基礎疾病亦可加重。
通常表現為流感樣癥狀，包括發熱、咽痛、流涕、鼻塞、咳嗽、咳痰、頭痛、全身酸痛、乏力。部分病例出現嘔吐、腹瀉。少數病例僅有輕微的上呼吸道癥狀，無發熱。體征主要包括咽部充血和扁桃體腫大。
