立克次體先在局部細胞內生長繁殖，繼而造成立克次體血癥侵入各組織器官，形成典型的增生性、血栓性或壞死性血管炎和血管周圍炎性肉芽腫（也稱斑疹傷寒結節），此種病變累及全身，尤以皮膚的真皮、心肌、肺、腦、肝、腎、腎上腺等處受累明顯，引起各種相應的臨床癥狀。病原體釋放的毒素引起各種中毒癥狀。發病后2周，血管病變最突出，如毛細血管通透性增加、血管栓塞及瘀斑等，可能與繼發遲發性變態反應有關。在肺部發生支氣管肺炎的病理變化，主要表現為局部充血、水腫、肺泡內滲出、實變，富含單核細胞、淋巴細胞、漿細胞、紅細胞及少量中性粒細胞。姬姆薩或革蘭染色組織切片，顯示肺泡間質增生伴大量單核細胞浸潤。在支氣管上皮、單核細胞中可存在大量立克次體。若繼發細菌性感染，則以肺炎球菌多見。流行性斑疹傷寒和地方性斑疹傷寒的發病機制和病理改變基本相同，只是后者血管病變較輕。