由不同原因引起的結膜炎在發病和臨床表現上有重疊，單靠臨床難以鑒別.
繼發于硝酸銀滴眼劑的化學性結膜炎，常在使用后6~8小時出現，24~48小時內自行消失.
衣原體性眼炎常在生后5~14日內發生，輕度結膜炎僅有少量的粘性分泌物，重度結膜炎則有眼瞼水腫，大量膿性分泌物及假膜形成，無濾泡存在；這一點與年長兒和成人患者不同.
淋病性眼炎發生在生后2~5日內的急性化膿性結膜炎，如有羊膜早破，可能發病更早.患兒有嚴重的眼瞼水腫伴球結膜水腫，分開眼瞼時有大量膿液自行冒出，如果不治療，可發生角膜潰瘍.
其他細菌引起的結膜炎的發病時間在生后4日~3周之間不等.
皰疹性角膜結膜炎可以是獨立的感染，也可與全身性或中樞神經系統感染同時發生，可被誤診為細菌性或化學性結膜炎，但是樹狀角膜炎的存在具有病理學特征。