真菌性心內膜炎的臨床特點，起病可突然，亦可隱襲。幾乎所有患者都有發熱，但熱型不定。常有全身癥狀，如體重下降、疲乏和食欲不振，但主訴缺乏特異性。體征包括心臟雜音（50%~90%）和脾腫大（30%~50%）。真菌性心肌炎和心包炎多繼發于全身性真菌病，提示心包炎的典型線索包括胸痛、心包摩擦音和心包滲液，而心電圖異常可能表示同時存在心肌受累。但這些發現無助于鑒別真菌和其他感染源。真菌性血管感染包括外周靜脈和中央靜脈的敗血性血栓性靜脈炎，以及人工移植物的感染。周圍靜脈血栓性靜脈炎的診斷依據是，在真菌血癥存在的情況下，導管插入部位有周圍靜脈的血栓形成。