1.沙眼衣原體肺炎
癥狀多在生后2～12周出現，起病緩慢，多不發熱或偶有低熱，可有輕度呼吸道癥狀，然后出現咳嗽和氣促，吸氣時常有細濕啰音或捻發音，少數有呼氣性喘鳴。約50%患兒同時患有結膜炎或有結膜炎病史。
2.鸚鵡熱衣原體肺炎
潛伏期6～14天，發病呈感冒樣癥狀，常有發熱，咳嗽初期為干咳，以后有痰，呼吸困難或輕或重。有相對緩脈、肌痛、胸痛、食欲不振，偶有惡心、嘔吐。如為全身感染，可有中樞神經系統感染癥狀或心肌炎表現，偶見黃疸，多見肝、脾腫大。
3.肺炎衣原體肺炎
臨床表現無特異性，與支原體肺炎相似。起病慢，病程長，一般癥狀輕，常伴咽、喉炎及鼻竇炎為其特點。上呼吸道感染癥狀消退后，出現干濕啰音等支氣管炎、肺炎表現。咳嗽癥狀可持續3周以上。