新生兒突發膽汁性嘔吐，嘔吐尚與十二指腸折疊成角及腹膜束帶壓迫導致十二指腸梗阻有關。腸梗阻、敗血癥、出血性顱高壓也可引起膽汁性嘔吐，需快速做出鑒別診斷。除了膽汁性嘔吐，患兒可有腹脹、脫水、激惹等。絞窄性腸梗阻患兒則有意識淡漠、感染性休克表現。
其他臨床表現包括：腹壁潮紅、腹膜炎、酸中毒、血小板減少、白細胞增多或減少，以及由腸黏膜局部缺血所至腸道出血和黑便。
中腸扭轉也可出現間歇性的癥狀，主要見于年長患兒。包括慢性腹痛、間歇性嘔吐（有時為非膽汁性）、厭食、體重下降、生長發育不良、腸道吸收障礙、腹瀉等。腸部分扭轉者腸系膜靜脈和淋巴回流受阻，可致營養素吸收障礙、腸腔內蛋白質丟失。動脈供血不足致黏液缺血，出現黑便。