殼聚糖由于分子內和分子間很強的氫鍵作用而具有規整的分子鏈和較好的結晶性能。殼聚糖按晶體結構可以分為。α晶型、β晶型和γ晶型三種，其中α晶型最為穩定，并在大自然中廣泛存在。殼聚糖的α晶型、β晶型和γ晶型的存在形式不同。α晶型通常與礦物質沉積在一起，兩條反向平行的糖鏈排列而組成α晶型，α晶型參與形成堅硬的外殼，組成緊密；β晶型和γ晶型通常與膠原蛋白相結合，兩條平行的糖鏈排列組成β晶型；兩條同向、一條反向且上下排列的三條糖鏈組成γ晶型。β晶型和γ晶型則表現出一定的硬度、柔韌性和流動性，而γ晶型甲殼素則可在烏賊的胃內形成厚上皮組織。甲殼素和殼聚糖的分子內和分子間氫鍵不同，導致。α晶型、β晶型和γ晶型三種晶型的分子鏈在晶胞中的排列各不相同。β晶型在鹽酸中回流及經乙酰化處理都可以轉變為α晶型。 [1]
殼聚糖的脫乙酰度影響本身的結晶度，脫乙酰度為100 %的殼聚糖，在分子結構中，具有分子鏈均勻、規整性好、結晶度高的特點。經X光衍射測試，殼聚糖脫乙酰度從74%增加到85%的樣品，x光衍射峰隨著脫乙酰度增加依次變得尖銳，結晶度從21.6%增加到28. 0%。