根據疼痛持續時間、頻率和特征分為慢性肛門直腸疼痛和痙攣性肛門直腸疼痛，前者包括肛提肌綜合征和非特異性功能性肛門直腸疼痛。
1.慢性肛門直腸疼痛
表現為肛門直腸部位的模糊鈍痛，通常疼痛時間較長(超過20分鐘)，或呈直腸壓力感增加，坐位比立位或臥位重，持續數小時至數天，有晨起癥狀輕、中午加重、晚上癥狀消失的規律。根據牽拉恥骨直腸肌有無疼痛分為肛提肌綜合征和非特異性肛門直腸疼痛，前者出現疼痛，后者無疼痛。
2.痙攣性肛門直腸疼痛
表現為反復發作的局限于肛門或直腸下段的痙攣性銳痛，應激事件或焦慮常為誘因。多在夜間發作，影響睡眠，短時間(數秒至數分鐘)內可自行緩解，不留有其他不適。