先天性肝內膽管囊狀擴張癥兒童或青年時期常無癥狀，多因長期膽汁淤積致膽石形成膽道感染后才有表現。腹痛、畏寒、發熱及黃疸是先天性肝內膽管囊狀擴張癥的主要癥狀與膽石病、膽管炎相同，容易造成判斷失誤。膽道感染嚴重者可發展成膽源性肝膿腫和敗血癥。緩解期可無任何癥狀，部分患者也可因反復膽道感染而出現肝臟腫大及壓痛，最終導致肝硬化和門靜脈高壓。
黃志強從外科治療角度出發，根據Caroli病的CT結果，將囊腫在肝內的分布與有關病理改變分成以下臨床類型：
Ⅰ型：單純型或局限型，常呈肝葉性分布，不伴肝纖維化。其中再分兩個亞型，周圍型(Ⅰa)，囊腫群在肝的周圍，一葉或一側。中央型(Ⅰb)，囊腫群在肝中央部，與肝門處主要肝管相通。
Ⅱ型：彌漫型，常伴有肝纖維化。
Ⅲ型：彌漫型伴節段性分布的肝內囊腫群。
Ⅳ型：合并膽總管囊狀擴張。