科布內氏病癥依其透射電鏡下水皰形成的水平可分為3大類（見表1）。真皮-表皮交界區內編碼蛋白的不同基因突變提供了臨床上不同亞型間表現不同的分子基礎。單純型科布內氏病癥的表皮松解水平在基底細胞層，是基底細胞角質蛋白基因KRT5和KRTl4突變的結果。交界型科布內氏病癥的組織松解發生在真皮表皮基底膜的透明帶水平，超微結構顯示半橋粒錨細絲復合體異常，其編碼錨細絲蛋白·層粘連蛋白5（1aminin）的3個多肽α3、β3和γ2的基因發生特異突變。另外，在交界型科布內氏病癥的亞型中發現編碼半橋粒組成成分的基因突變，包括編碼α6β4整合素β4亞單位基因的突變和編碼18OkDa的大皰性類天皰瘡抗原BPAG2，也稱Ⅶ型膠原基因的突變。營養不良型科布內氏病癥的組織松解發生在致密帶下錨原纖維水平，目前只發現Ⅶ型膠原基因（COL7A1）突變。