有些檢疫性林木種子害蟲是藏匿于種子之內的，這個時候從外表上，人的肉眼是很難發現的，同時很多時候又不可能用小刀一粒粒剖開檢查，因為這樣不僅費時費力，而且還會對好的林木種子造成損害，因此采用種子軟X射線儀進行熒光觀察或透視攝影，提供了一種有效而可靠的檢測方式，能夠讓種子隱蔽性害蟲無處藏身。
過去檢驗種子隱蔽性害蟲，往往是采用解剖法，現在有了種子軟X射線儀，這種方法正在逐漸被淘汰。而從近年來應用種子軟X射線儀的效果來看，采用種子軟X射線儀檢測種子內隱蔽害蟲，在檢測林木種子內種子小蜂、芒果內果實象甲等方面取得了較好的檢驗結果。尤其是針對于扁柏種子等籽粒太小的種子類型，種子軟X射線儀的應用效果非常明顯。
一般來說，健康的種子其組成物質均勻有序、密度較大，透過的X射線較少；而內有害蟲的種實組織，其密度遠較健康種實小，透過的X射線則較多。因此應用種子軟X射線儀拍攝，在熒光屏上或通過攝影在照片上分辯出受檢樣品內是有害蟲存在，以及害蟲的形態、種類等，可以較為清楚的分別出種子中是否存在隱蔽性害蟲。
種子軟X射線儀的應用，不僅有效緩解了過去種子害蟲隨種子調用在各地泛濫的問題，有效減少了蟲害種子給農業生產造成的經濟損失，同時對于了解種子隱蔽性害蟲的危害情況及其危害途徑等提供了一種的新的途徑和方式，有助于指導工作人員對其進行綜合治理，提高了種子的品質，促進了種子產業的健康穩定發展。