急性腸系膜缺血病人主要并發于心血管疾病，而急性腸系膜上動脈閉塞又會加重心血管疾病，因而應把改善心臟功能和病人全身情況放在同等重要位置，在積極抗休克、抗感染糾正酸中毒、維持水電解質平衡、加強營養支持等措施的同時，盡快手術探查，不可顧此失彼。在對病人一般情況及心臟情況予以診斷及處理后，即進行選擇性動脈造影，如發現有栓塞及血管痙攣時，可經動脈導管灌注罌粟堿，也可灌注溶栓劑如尿激酶、鏈激酶以溶解栓子，有的報告應用經皮血管腔內氣囊成形術者，但效果都不肯定，僅有少數早期病人經治療后可獲得療效，這些治療方法雖有發展的前景，但當前仍是以手術治療為主，特別是病人已出現腹膜刺激癥狀時則更不宜等待。剖腹探查發現栓塞位于一個分支或主干的遠端，腸管缺血的范圍不大，并已出現壞死現象時，則可進行部分腸切除吻合術。在切除時至少應包括壞死腸襻上、下端各15cm的正常腸管，同時將已有栓塞的系膜一并予以切除，切除范圍不足即可能術后腸管再次壞死，發生吻合口漏。在腸壞死范圍小切除后不致影響腸道功能的情況下，可適當放寬腸切除的范圍。部分點片狀腸管的壞死，可縫合壞死上、下端的正常漿肌層，將壞死部位翻入腸腔。但在腸管已發生大面積不可逆性壞死，盡快切除壞死腸襻，減少毒素吸收可能更為有益，范圍雖大也只能將壞死腸切除，吻合剩余腸恢復胃腸道的通暢，切除緣必須保證血運良好，以免術后發生瘺。術后按短腸綜合征給予積極治療。
為了解血液恢復后腸襻的活力，除觀察腸管顏色、蠕動及腸系膜緣動脈搏動外，還可用熒光法探測局部有無血液循環。從周圍靜脈內注射鉈熒光素鈉后，于暗室中通過紫外線光觀察腸管，局部如發黃色熒光則有血循環存在，腸管有活力。應用多普勒(Doppler)超聲測定腸系膜血管也是一種常用的方法，其他尚有腸肌的肌電測定，99mTc標記白蛋白檢測，腸管表面氧檢測，以及紅外線體積描記圖(photo plethysmography)等，但均需有特殊設備與時間。當不能完全肯定腸是否仍有活力，可將腸管納入腹腔關閉，術后供氧糾正血漿容量，應用強心劑提高心排出量，從選擇性腸系膜上動脈導管灌注血管活性藥物，以擴張血管增加血流量，并在術后24～36h再次剖腹觀察腸管情況，當可確定腸管是否存活。再次剖腹應決定于第一次手術結束時而不是在術后再作考慮，術后疼痛、壓痛與腸麻痹將掩蓋腸壞死的表現。因此，當再次剖腹一經決定必須按時實行，以確保及時處理已壞死的腸管，增加病人的安全性。