在凝膠電泳中，首先應用的是瓊脂電泳，它具有下列優點：（1）瓊脂含液體量 大，可達98-99%，近似自由電泳，但是樣品的擴散度比自由電泳小，對蛋白質的吸附 極微。（2）瓊脂作為支持體有均勻，區帶整齊，分辨率高，重復性好等優點。（3） 電泳速度快。（4）透明而不吸收紫外線，可以直接用紫外檢測儀作定量測定。（5） 區帶易染色，樣品易回收，有利于制止備。然而瓊脂中有較多硫酸根，電滲作用大。 瓊脂糖是從瓊脂中提取出來的，是由半乳糖和3.6-脫水-L- 半乳糖相互結合的鏈狀多 糖。含硫酸根比瓊脂少，因而分離效果明顯提高。 瓊脂（糖）電泳常用緩沖液的pH在6-9之間，離子強度為0.02-0.05。離子強度過 高時，會有大量電流通過凝膠，因而產生熱量，使凝膠的水份量蒸發，析出鹽的結 晶，甚至可使凝膠斷裂，電流中斷。常用的緩沖液有硼酸鹽緩沖液與巴比妥緩沖液。 為了防止電泳時兩極緩沖液槽內pH和離子強度的改變，可在每次電泳后合并兩極槽內 的緩沖液，混勻后再用。