根據科學慣例，溶酶體一詞僅適用于動物的囊狀細胞器，液泡一詞適用于植物、真菌和藻類(有些動物細胞也有液泡)。自20世紀70年代以來，植物細胞的發現開始挑戰這一定義。人們發現植物液泡在結構和功能上比以前認為的要多樣化得多。 一些液泡含有自己的水解酶，并表現出典型的溶酶體活性，即自噬。因此，這些液泡被視為完成了動物溶酶體的作用。根據德杜瓦的描述，“只有當被認為是直接或間接參與細胞內消化的系統的一部分時，溶酶體一詞才描述一個生理單位”，一些植物學家強烈認為這些液泡是溶酶體。然而，這并沒有被普遍接受，因為液泡嚴格來說與溶酶體不相似，例如在它們的特異性酶和吞噬功能的缺乏方面。液泡不具有分解代謝活性，也不像溶酶體那樣經歷胞吐作用。