HPLC系統包括兩個功能：一是分離，二是檢測。
所謂液相色譜質譜聯用儀，就是把MS也作為一種檢測器，當然一般是串接在紫外檢測器（包括DAD）之后。
因為MS比較昂貴，比普通的HPLC的整機還要貴得多，功能也比較出色，所以要單獨提出來，實際上也是HPLC系統的一種。
MSD的功能主要有兩方面：由于MS可以提供結構信息，用來定性有一定的優勢。單級MS一般只能提供分子量，多級的MS能提供更多的結構信息；同時MSD也是一種通用型的質量型檢測器，也用于定量。（D的意思是Detector）
你常見到的LC-MS就是這種配置的HPLC，LC-MS-MS也就是二級的MS了。