液相色譜質譜聯用儀是以質譜儀為檢測手段，集液相色譜儀的高分離能力、質譜儀的高靈敏度和高選擇性于一體的強有力分析檢測工具。近年來，隨著電噴霧和大氣壓化學電離等軟電離技術的成熟，其定性定量分析結果更加可靠，已成為臨床醫藥學研究中不可缺少的分析檢測工具。
一、在體外藥物代謝物篩查中的應用：
液相色譜質譜聯用儀是藥物代謝產物篩查和鑒定最合適、最有效的分析檢測工具。利用液相色譜質譜聯用儀可以從品種繁多的樣品中得到豐富的信息，極大地提高了對各類藥物及其代謝產物的檢測和鑒定能力。目前，多數類藥化合物采用電噴霧離子化質譜分析，極性小的化合物采用大氣壓化學離子化質譜分析。
二、在藥物反應性代謝物檢測中的應用：
液相色譜質譜聯用儀在藥物反應性代謝物的檢測、識別和定量中起著主導作用。在早期的藥物發現中, 液相色譜質譜聯用儀用于快速篩選和結構確證反應性代謝物，以進行先導物優化和候選物遴選開發。通常，試驗物質先在捕獲劑存在下用肝微粒體孵育，然后用液相色譜質譜聯用儀檢測和結構確證捕獲劑捕獲的反應性代謝物，這些體外篩選試驗結果提供了給定化學類型和引起關注的化合物的潛在代謝活化的重要信息。在藥物發現后期和臨床開發過程中，液相色譜質譜聯用儀也起著重要作用。