1.一般療法
（1）加強護理和營養以提高患者的抵抗力和免疫力。
（2）預防感染應注意隔離，盡量減少與病原體的接觸。
2.抗感染療法
由于吞噬細胞本身和吞噬能力缺陷，機體無法殺滅感染的細菌。因此，一旦發生感染，應針對病原菌選擇廣譜的殺菌性抗生素進行治療。磺胺甲惡唑/甲氧芐啶對控制慢性肉芽腫病的感染有一定的效果。
3.免疫替補療法
（1）輸注粒細胞針對粒細胞吞噬殺菌功能的缺陷，可通過輸注粒細胞起到暫時的替補作用。尤其是應用細胞分離器獲得的白細胞懸液中含有更多的粒細胞，可供臨床使用。
（2）輸注新鮮全血先天性調理系統缺陷可引起一些反復感染，應用新鮮血漿可以糾正。對嚴重感染的病例，可輸入調理蛋白，通過加強對病菌的調理作用，促進機體對病菌的識別、吞噬和清除作用，從而達到控制感染的目的。
（3）阿地白介素（白細胞介素-2）
（4）骨髓移植為根本的療法。