沙眼衣原體肺部感染的治療主要為紅霉素或四環素（不用于孕婦和兒童），口服；新生兒和嬰兒的用量為紅霉素，或琥乙紅霉素，亦可用磺胺異唑。成人可用紅霉素或四環素，口服；亦可用阿莫西林、多西環素治療，或用氧氟沙星。對輕癥感染，阿奇霉素亦有效。
