慢性血源性骨髓炎的治療原則是盡可能徹底清除病灶，摘除死骨，清除增生的瘢痕和肉芽組織，消滅死腔，改善局部血液循環為愈合創造條件。為達此目的，單用藥物常不能奏效，必須采用手術和藥物綜合療法。
1.抗生素治療
應在傷口或竇道附近多次取標本，做細菌包括厭氧菌的培養，以便選擇有效的抗生素治療。由于藥物在骨內的濃度遠低于血液中的濃度，因此必須應用較大劑量的抗生素進行為期6～12周的治療。
2.手術治療
凡有死骨、死腔、竇道流膿，有充分新骨形成包殼，能支持肢體者，均應手術治療。術前、術中和術后均應給予足量有效抗生素。手術前注意改善全身情況（如給予高蛋白飲食、輸血等），增強抵抗力。手術治療方法，包括病灶清除術、帶蒂肌瓣填充術及骨移植術等。