儀器相同，原理相同，僅檢測柱不同
毛細管氣相色譜法使用的是毛細管色譜柱，為氣液色譜，材質為石英玻璃，長度在幾十米甚至上百米，分離效果更好，柱效更高，但因內徑過小（0.2-0.5mm），故柱容量也很小，且因材質因素，易折斷損壞。因柱長較長，分析時間通常也比較長。
填充柱氣相色譜法使用的是填充色譜柱，既有氣液色譜也有氣固色譜，常見管材為不銹鋼、玻璃、聚四氟、銅、鋁等，除玻璃材質外，其他種類的不易損壞。填充柱分離能力較差，柱效較低，但柱容量大，柱較短，因此分析時間較快
此外，填充柱自己在實驗室就可以很方便的自己填裝
而毛細柱一般均為商品柱，個人很難自行制作