傳統的患眼摘除術，在國內仍為治療葡萄膜惡性黑色素瘤的主要手段。但國內外不少學者對眼球摘除術的有效性產生了懷疑，認為眼球摘除不能免除轉移的可能性，甚至可能有助于腫瘤的播散。定期觀察，光凝治療、放射治療（如鞏膜表面敷貼放療，電荷粒子束放療，伽瑪刀治療等）、局部切除術等方法在不少國家已成為主要的治療手段。在選擇治療方法時應考慮到以下一些因素。
手術療法：最主要是早期診斷，及時摘除眼球，摘除時，視神經要盡可能剪長一些，因腫瘤有可能沿視神經蔓延，如眶內組織被腫瘤波及則應作眶內容剜除術。對位于虹膜及睫狀體者，可行虹膜切除術及虹膜狀體切除術。近年來有人統計行眼球摘除者更容易加快腫瘤轉移，而且隨訪結果顯示，不手術者的生存率并不低于手術者，因此主張對一眼因其他原因已失明時，建議暫不手術，給予免疫治療。
（1）視力在不影響生命預后的前提下，盡可能保存患眼的視力，采取保守療法。如果腫瘤生長迅速，視力喪失已不可逆轉，或腫瘤較大，已經喪失視力者，一般需摘除患眼。當患眼是患者惟一有視力的眼，對側眼視力差時，在不改變生命預后的前提下，盡可能避免摘除眼球，以挽救有用的視力。
（2）腫瘤大小及部位直徑<10毫米、厚度<3毫米的較小的脈絡膜黑色素瘤，通過超聲波、眼底照相等檢查，生長并不活躍者，應進行定期觀察。直徑10～15毫米、厚度3～5毫米中等大小的腫瘤，可選擇定期觀察，放射治療，局部切除或眼球摘除。直徑超過15毫米、厚度5～10毫米的較大的腫瘤，可以選擇放射治療，局部切除或眼球摘除。對于厚度超過10毫米的大腫瘤，最安全的措施是眼球摘除。近赤道部生長活躍的小的或中等大的黑色素瘤，可以采取放射治療或局部切除術；而同樣大小的腫瘤如位于后極部，通常采用放射治療。視盤附近的黑色素瘤可以放療，但包繞視神經的腫瘤應行眼球摘除術。
（3）腫瘤的生長特征脈絡膜黑色素瘤大多數呈結節狀，腫瘤的基底直徑比厚度大2倍左右，可選擇局部切除或放射治療。彌漫性生長的黑色素瘤其基底直徑比厚度大許多倍，甚至呈環繞眼球生長，致葡萄膜普遍增厚，容易發生廣泛性視網膜脫離、視神經浸潤及眼外蔓延，保守治療效果差，最好選擇眼球摘除術。鞏膜外輕度蔓延且有完整包膜者亦不是放療或局部切除的禁忌證。對于鞏膜外大范圍的蔓延、邊界不清者宜眼球摘除，大塊的眶內轉移宜選擇眶內容摘除術。
（4）患者全身狀況全身狀況好的，瘤體較大且視力已經喪失者，宜選擇眼球摘除術。有嚴重全身病患者宜采取保守治療。已經發生全身轉移的患者亦不強調眼球摘除。對于心理素質較好者，即使是中等大小的腫瘤，亦可選擇放療或局部切除術，對于恐懼或憂慮癥患者，即使是小的腫瘤亦常采取眼球摘除術。