宮內感染HSV可在出生時即有皮膚皰疹、結痂。也可表現小眼球、角膜結膜炎、視網膜脈絡膜炎、小頭畸形、腦積水、顱內鈣化及肝、脾腫大等表現。母親胎膜早破時間較長者，可因其HSVⅡ型生殖器感染，病毒上行使胎兒發生宮內感染，一般中樞神經不受累，僅有皮膚或眼病變，預后良好。
多數新生兒均為產時或產后不久被感染，出生時無異常，多在生后5～10天發病，臨床可表現為全身播散及局部病變兩類：
1.全身播散型
發病多在第1周末。由病毒血癥發展為多臟器廣泛受累，可累及皮膚、肺、中樞神經、腎上腺、心臟、腎等。臨床癥狀與新生兒敗血癥相似，可表現為發熱、蒼白、呼吸窘迫或暫停、驚厥、嗜睡、煩躁、高膽紅素血癥、休克及DIC等。多數病例皮膚可見成簇皰疹，可發生在先露部位，皰疹基底呈紅色，邊緣清，直徑1～3mm，偶可發展為大皰，直徑>1cm。也有部分患兒整個病程均無皰疹，使本病診斷發生困難。此型病例預后差，病死率更高，存活者都留有神經系統等后遺癥。
2.局限型
多在生后第2周發病。可表現為以下兩種類型：
(1)病變局限于皮膚、眼及口黏膜 如未能及時采用抗病毒治療，也可發展為全身播散型。眼病變表現為角膜結膜炎，晚發視網膜脈絡膜炎，伴或不伴小眼球、白內障。可引起有中樞神經系統后遺癥。
(2)腦炎型 中樞神經系統癥狀出現較晚，罕見并發病毒血癥，少數病例有皮膚黏膜皰疹。病兒血中多具有來自母體HSV中和抗體及抗體依賴細胞的細胞毒抗體，病毒可能沿神經而不是通過病毒血癥傳播到中樞神經系統。臨床表現為發熱、嗜睡、煩躁、尖叫、昏迷、驚厥，前囟隆起等。
(3)肺炎 HSV可引起單純肺炎或播散型伴肺炎，表現為呼吸窘迫，可迅速發展為呼吸衰竭。