操縱子的數量及組織可以從大腸桿菌的研究中得知。預測可以基于基因組序列。
其中一個方法是使用不同讀架中基因間的距離作為基因組中操縱子數量的主要預測工具。這個分隔只會改變讀架及確保讀數的效能。在操縱子開始及結束的地方有較長的延伸，一般可以是40-50堿基對。
若考慮分子的機能類，操縱子的預測則更準確。細菌會團集它的讀架成單元，隱藏在蛋白質復合物、共同途徑、或分享的底物及運載物中。因此，若有著所有這些資料及數據，預測會更準確，但這實際上是一項艱深的工作。
