性狀
棉子糖是采用物理萃取方式從植物（甜菜糖蜜或棉子）中提取的純天然功能性低聚糖 。棉子糖為白色或淡黃色晶狀粉末，易溶于水，微溶于乙醇等極性溶劑，不溶于石油醚等非極性溶劑。無水棉子糖熔點118~119℃。一般結晶體帶有5分子的結晶水，緩慢加熱100℃會喪失結晶水。水溶液的比旋光度[α]D為+105°。帶結晶水的棉子糖熔點為80℃。
結構
棉子糖（raffinose）又稱蜜三糖（melitriose），由右旋半乳糖、右旋葡萄糖和左旋果糖各一分子組成的三糖。即α-D-吡喃半乳糖基-(1→6)-α-D-吡喃葡萄糖基-(1→2)-β-D-呋喃果糖苷，分子式為C18H32O16，相對分子質量504 。
溶解度
棉子糖易溶于水，微溶于乙醇等極性溶劑，不溶于石油醚等非極性溶劑 。20℃時水中溶解度為14%，且隨溫度升高溶解度顯著增大，80℃時，高于蔗糖的溶解度。
熱穩定性
因此在一些需經熱壓處理的食品中使用也十分方便；但當加熱至180℃時，棉子糖會分解成蜜二糖和果糖，蜜二糖還可能進一步分解。在酸性條件下，棉子糖的熱穩定性仍然很好，與蔗糖相仿，甚至略高。在pH值為3.5、90℃環境中保持30min，棉子糖幾乎沒產生分解現象 。
美拉德反應
棉子糖屬于非還原糖，在于氨基酸共存條件下，發生美拉德反應（褐變反應）的程度比較低。當棉子糖與谷氨酸鈉共存，并加熱至150℃，加熱時間為2h，當pH值≤4，棉子糖的著色度（-lgT150）略高于葡萄糖，低于蔗糖、果糖和低聚果糖；pH值≥5時，各種糖的著色度依次為果糖、葡萄糖、低聚果糖、蔗糖和棉子糖。
吸濕性
與其他低聚糖不同，棉子糖晶體粉末含有5分子結晶水，因此即使在相對濕度90%的環境下也不會吸濕結塊，相比其他低聚糖粉末較強的吸濕性，這是棉子糖晶體粉末的一個顯著特點，對片狀、粉狀食品和藥品的添加極為有利。棉子糖在非晶體狀態下，又具有較強的吸濕和保濕能力 。
甜度
甜度以蔗糖甜度為100計，與蔗糖10%溶液比較，棉子糖的甜度為22-30 。
熱量
棉子糖的能量值約為6KJ/g，相比蔗糖（17KJ/g）和木糖醇（10KJ/g），約為蔗糖的1/3,木糖醇的1/2 。