(1)SLE：根據檢測方法及其分析靈敏度的不同，抗磷脂抗體在SLE中的陽性率可達15%-70%。該抗體陽性的SLE患者，與動脈及靜脈血栓、習慣性流產、血小板減少、Coombs陽性的溶血性貧血和某些罕見的癥狀相關，但其相關程度和各種檢測方法對這些癥狀的臨床靈敏度和特異性，各家報道并不一致。高滴度的抗心磷脂IgG類抗體，陽性狼瘡抗凝集試驗的異常，疾病靜止期抗體的陽性，是這些病癥高風險的指標。回顧性研究發現，抗磷脂抗體先于這些癥狀而出現。
(2)原發性抗磷脂綜合征(APS)：如患者出現血栓、習慣性流產、血小板減少、溶血性貧血、網狀青斑、各種神經癥狀以及抗磷脂抗體陽性，不符臺SLE或其他疾病診斷標準，則可診斷為原發性APS。小部分轉歸為SLE。
(3)其他疾病
抗磷脂抗體不是SLE或APS特異性抗體，它們在下列病癥中以不同頻率存在：
多種風濕性和非風濕性疾病，如風濕性關節炎、青少年慢性關節炎、強直性脊椎炎、牛皮癬性關節炎、各種結締組織病和脈管炎，多肌痛性風濕和風濕熱。
血液學上，骨髓增生和淋巴瘤疾病。
心肌梗死。
艾迪生病。
藥物誘導的狼瘡綜合征。
多種病毒感染，如HIV、EBV、微小病毒B19；細菌感染，如螺旋體病、梅毒、結核、洛磯山斑疹熱以及原蟲感染。
5%健康人，隨年齡增高陽性率上升。
除了原發性APS或SLE，這些抗體和前述病癥之間通常沒有相關性。另外，HLA等位基因DRw53和DR4或DR7只與原發性APS相關，某些情況下，與抗磷脂抗體陽性的SLE相關。