捕獲與處理
輔佐細胞可通過多種方法捕獲抗原，例如吞噬作用（對同種細胞或細菌等大型顆粒）和胞飲作用（對病毒等微小顆粒或大分子）等。這種吞噬和吞飲作用無抗原特異性，可能的識別機制在于吞噬細胞與被吞噬顆粒之間的表面親水性差異。另外還有受體介導的內攝作用，這是弱吞噬力的輔佐細胞捕獲抗原的主要方式，例如B細胞可借助抗原受體（表面免疫球蛋白）與相應的抗原特異性結合，并將抗原內化處理。這些捕獲方式與中性粒細胞的吞噬作用。抗原處理（antigenprocessing）是指輔佐細胞將天然抗原轉變成可被TH細胞識別形式的過程；這一過程包括抗原變性、降解和修飾等。例如細菌在吞噬體內被溶菌酶消化降解，將有效的抗原肽段加以整理修飾，并將其與MHCⅡ類分子相連接，然后轉運到細胞膜上。
可與MHCⅡ類分子結合的都是蛋白性抗原；多糖和脂類不易于MHCⅡ類分子連接，難以被TH細胞識別，因而多不是良好的免疫原；但有時可以誘導抗體性免疫應答。
遞呈
抗原遞呈（antigenpresentation）是輔佐細胞向輔助性T細胞展示抗原和MHCⅡ類分子的復合物，并使之與TCR結合的過程。這個過程是幾乎所有淋巴細胞活化的必需步驟。抗原遞呈之前，經處理后的抗原肽段已經連接在MHC分子頂端的槽中，這個復合物便是TCR的配體。TCR與配體結合的精確模式尚未清楚，一個合理的說法是TCR中α和β鏈的V段接觸MHC分子的α螺旋（形成MHC分子頂端槽的肽段），使高可變的連接部（V-J及V-D-J）與抗原肽段相結合。這樣保證了TCR識別抗原的特異性。
超抗原的遞呈有獨特的模式，它不需要胞內處理，可以直接與MHCⅡ類分子結合。超抗原不結合在MHCⅡ類分子的頂端槽中，而是結合在槽的外側；與TCR結合時，不結合其α鏈，只結合β鏈的V節段。超抗原對TCR和MHCⅡ類分子的結合都非常牢固，象一支雙向鉤子將T細胞和輔佐細胞緊緊地連在一起，很容易使T細胞活化。另外，任何超抗原都只與含特殊β鏈V節段的TCR結合，這樣的TCR約占外周T細胞總數的1%～10%，這一數字遠遠大于任何普通抗原所能識別的細胞數；所以某些產毒細胞感染時，容易發生急性期素休克綜合征，就是超抗原刺激的結果。