藥物治療無效和癥狀持續1年以上手術后反流性胃炎的患者可考慮手術治療。手術的主要目的是防止十二指腸內容與胃接近或接觸，這個目的幾乎肯定能實現。采用何種手術糾正方式，取決于原先施行的手術和外科醫師的經驗。
（1）Roux-en-Y胃空腸吻合 這是目前認為最有效的手術方法，為了保證十二指腸內容流入空腸而不能逆流到胃，新的輸入袢空腸入口應在胃腸吻合口下50cm處。以前施行過迷走神經切斷術和幽門成形術后發生膽汁手術后反流性胃炎者，再手術包括半胃切除和結腸前Roux-en-Y胃空腸吻合術。手術后膽汁反流經Roux-en-Y轉流，殘胃內的泌酸細胞會出現再生，繼續分泌胃酸，此時的胃酸再分泌和失去堿性液的中和，可引起胃腸吻合口邊緣性潰瘍。因此，即使術前檢查胃酸缺乏或無酸，加作迷走神經切斷仍屬必要。
（2）Henley氏襻 是將一段空腸插入胃與十二指腸之間（Henley氏襻），適用于畢氏Ⅱ式胃空腸吻合后膽汁手術后反流性胃炎。輸入的空腸襻在近胃側分離、胃端封閉。輸出襻在遠離胃20厘米處分離，這20厘米的輸出空腸段與十二指腸殘端吻合，從而改造重建了胃與十二指腸的連接。將來自十二指腸的近端輸入襻與輸出空腸襻的遠端吻合，恢復了屈氏韌帶以下的小腸連接。