感染性腹瀉是由病毒、細菌、真菌、原蟲等多種病原體感染引起的腹瀉。常見細菌：霍亂弧菌、痢疾桿菌、致瀉大腸埃希菌、副溶血弧菌、沙門菌、彎曲菌、氣單胞菌和類志賀鄰單胞菌、臘樣芽胞桿菌、產氣莢膜梭菌、小腸結腸炎耶爾森菌等。病毒：諾如病毒、B組輪狀病毒及腺病毒、星狀病毒、某些呼吸道病毒等。寄生蟲：賈第鞭毛蟲、溶組織內阿米巴、隱孢子蟲、環孢子蟲等。抗生素相關性腹瀉：艱難梭菌等。
