鑒別炎癥性和非炎癥性感染性腹瀉目前尚無理想的指標。
1.糞便檢查
（1）糞便細菌培養糞便細菌培養仍然是“金標準”。發熱和/或膿血便患者應進行糞便標本培養及藥敏有助于經驗治療后調整治療方案。近十幾年來為了防控霍亂，CDC要求腹瀉患者在腸道門診開診期間霍亂培養率達100%。目前臨床常見的輕型霍亂往往通過便培養被確診。
（2）糞便常規肉眼外觀，如便標本中肉眼可見黏液和血便，提示是一個炎癥過程。顯微鏡下檢查：見紅、白細胞可提示炎癥性腹瀉；暗視野下見“魚群樣運動”提示弧菌，并需進行制動試驗以甄別霍亂弧菌；如腹瀉帶血，尤其糞便中不含白細胞，提示可能為出血性大腸桿菌EHEC（O157:H7/O104:H4）或阿米巴、艱難梭菌感染（后兩種病原體可破壞糞便中的白細胞）。
（3）諾如和輪狀等病毒性腹瀉可用ELISA法檢測抗原或RT-PCR檢測病毒核酸。
（4）寄生蟲如懷疑寄生蟲感染可選擇便涂片找蟲卵或卵囊。
2.血常規
炎癥性腹瀉患者外周血白細胞總數和中性分類可增高。合并溶血尿毒綜合征（HUS）時有貧血及血小板減少。
3.尿常規
合并HUS者可見血尿、血紅蛋白尿、管型尿。
4.生化及電解質
合并HUS者血BUN、CR、AST、ALT、BIL、LDH、CK等可增高，血清纖維蛋白降解產物增加。