由于恒溫核酸擴增的整個反應是沒有溫度的變化,模板DNA雙鏈的打開,引物與互補片段的鏈接以及新片段的合成都是在同一溫度下進行的。這就造成某些情況下的反應體系里引物之間形成非特異性互補,擴增,最后造成假陽性的結果。與PCR相比,恒溫核酸擴增更易出現假陽性的結果。