總RNA 的電泳檢測，原來我使用 Lambda DNA/EcoR I （或者 Hind III）酶切 Marker，現在基本上不再用
Marker 了。指示劑一定是溴酚藍加二甲苯氰，膠濃度 1-1.2%。加樣后，開始電泳 (電壓的選擇的唯一依據是，我后面的時間安排。)。
溴酚藍出孔 2-3cm 后終止電泳，紫外觀察。首先能吸引我的一定是非常亮的位置(是否上樣過量)，然后觀察溴酚藍到二甲苯氰之間的條帶情況
(降解情況)，再就是加樣孔 (雜質殘留情況)，最后是 23kb 處是否有條帶 (基因組 DNA
殘留情況)。如果同時抽提的樣品是多個，而且類似，在具體分析某一個問題樣品前，要先綜合一下該批次抽提的總的成敗。如果全部有某現象，可能與試劑有關，也可能與樣品有關，還可能與操作有關；如果只有部分有該現象，更可能與操作有關，少部分與樣品有關
(先做的和后做的可能也有區別)。只有在宏觀上有了一個概念，微觀分析才有價值，才準確。
微觀分析重點要看如下幾個位置：
1 溴酚藍偏下一點點。這個位置提供的是小片段 rRNA (5S 等)的信息及降解的輔助指標。有可能有，也可能沒有。沒有不是問題，因為柱子抽提方法及 TRIzol 的高鹽沉淀方法，都會去除大部分小的 RNA 片段。
問題一：特別亮，寬度甚至超過了加樣孔的寬度。特別亮首先提示上樣量過大，而過大的上樣量是很容易掩蓋一些信息的，導致判讀錯誤。不管能否看見大片段 RNA，也不管帶型如何，碰到小片段非常亮的情況，最好大大降低上樣量重新跑一次，再判讀。
2 指示劑溴酚藍到二甲苯氰之間或者上面一點點。這個位置提供的是大片段的 rRNA (28S/18S 等)完整性的信息。條帶清晰彌散輕微，表示完整性好；否則表示完整性差。
問題一：比例達不到 2:1。條帶亮度比例，沒有必要太放在心上，因為比例不是非變性電泳的結論；同時，有些物種本身就不具備這樣的比例 (從 DXY 上戰友處首次學到)。關鍵是條帶是否清晰，彌散少。
問題二：有多條帶。多條帶也不是問題，有些物種 – 如植物 – 本身就是有多條帶。即使本身只“應該”有兩條帶的出現了多條帶，也不要放在心上，因為這只是 RNA 的二級結構的一種體現 (如同質粒的構型)；同時，它不會對后續實驗產生任何影響。
問題三：看不見條帶。如果能看見小的片段 (或者其它泳道能看見)，以及小的片段不是非常亮，多提示降解；如果小片段非常亮，見 1。
問題四：有彌散。如果小片段不是非常亮，多提示降解；如果小片段非常亮，見 1。如果彌散同時也向加樣孔方向發生，則還需要考慮電泳的問題和鹽殘留的問題，因為單純的降解是不可能發生向上的彌散的。
問題五：非常亮的一大團，不成條帶狀。幾乎都與上樣過量有關，降低上樣量重新跑一次，再判讀。
許多人喜歡與精確的 DNA Marker 比對大小，來判斷 RNA 的條帶大小。這是有問題的，可能產生誤導；我自己就碰到過 28S 在接近
2kb 位置，也有接近 1kb
位置的情況，這與膠濃度以及膠的生產廠家有關。你可以繼續比對，但只是多一個參照物，多一個不嚴謹的參照物；更應該參照的是：如果在 1kb
左右有條帶出現，理論上只有兩種情況，一是 RNA 條帶，二是凋亡的 DNA Ladder – 后者幾乎碰不到。
3 23kb 處。這個位置提供的是基因組 DNA 殘留量的信息。如果不使用 DNase I 處理，任何方法抽提的總 RNA 都殘留有基因組 DNA，只是殘留量的多少有區別。
問題一：條帶可見，且無彌散。基因組 DNA 的殘留，主要與方法/試劑有關，其次與樣品使用量有關。柱子抽提方式，如果過程中沒有使用苯酚，基因組
DNA 的殘留量都是比較高的。TRIzol 及其它原理為酸性酚的方法/試劑出現基因組 DNA
的殘留，多與樣品過量有關；同時也與吸取上清的操作不當有關。
問題二：條帶清晰，但有彌散。首先肯定是有基因組 DNA 的殘留，但為什么會彌散？如果非常亮，彌散可以由上樣過量導致。如果不是很亮，則看加樣孔：加樣孔不亮，提示高鹽殘留；加樣孔很亮，則見下面。
4 加樣孔。這個位置提供的是雜質殘留的信息。導致加樣孔發亮的原因非常多，其中最主要的是非蛋白質/非核酸類的大分子雜質 (如多糖、多酚)
的殘留以及蛋白質和核酸的同步殘留。大分子雜質的殘留，首先與樣品本身有關
(如植物、菌、動物肝臟、肺等)，其次與所使用的方法/試劑去除這些雜質的能力有關。蛋白質和核酸的同步殘留，少量與樣品有關
(如肌肉)，大部分則與所使用的方法/試劑，以及操作不當有關。另外，樣品使用過量，也是一個重要原因。
5 彌散問題。這個問題可以出現在膠體的任何位置。一般講，降解是向下彌散的；向上的彌散 (即拖尾) 多與上樣核酸中的雜質有關。如果向下的彌散和拖尾同時出現，更可能的還是雜質殘留的問題。當然，如果電泳體系出了問題，也會出現這樣的現象的。
判讀電泳照片，必須綜合考慮，方能找準問題的方向。不要看了照片，像降解的就認為是降解；孔一亮，就認為是蛋白殘留。總之，照片判讀，是一個經驗的活，有時候說都說不清楚。但是，多研讀結果不好的照片，一定會對你今后帶去很大的好處的。