欲知封閉水域會否出現藻類瘋長，如藍藻爆發等現象，應監測水域中的藻類數量以及水質，由于對藻類等浮游植物采用計數的方法測定誤差較大，耗時費力，對檢測人員的工作經驗要求相對較高，一般可測定水中的葉綠素a含量代替藻類測定。當水中的葉綠素a含量突然增高，而且水中含有大量氮、磷等營養物質，加上陽光照射強烈，氣候炎熱等因素，該水域極有可能發生藻類瘋長，可通知各有關部門盡早采取應對措施。
因為藻類是一類含葉綠素的、光合自養的、無胚的原植體植物，在浮游藻類里葉綠素a的含量大約占有機物比重的1～2%，是估算藻類生物量的較好指標。可預先測定藻類計數和葉綠素含量的相關關系，以葉綠素a的含量來推算藻類的數量，即通過測定水中的葉綠素來快速了解藻類的大致數量。
測定葉綠素a的儀器和方法有許多種，分光光度法測定葉綠素a是一簡便易行的測定方法，水樣經離心或過濾濃縮、研磨、丙酮提取后，定容，取上清液分別測量750nm、645nm、663nm、652nm等幾個波長下的吸光度值，根據經驗公式可分別計算出葉綠素a、葉綠素b和總葉綠素的含量。
分光光度法測定葉綠素a，與測定其他物質稍有不同，如：測磷只需測定單一波長的吸光度值，再以該吸光度值代入由標準溶液測得的校準曲線計算含磷量。而葉綠素a無法使用校準曲線，需用幾個波長下的吸光度值，根據經驗公式來分別計算出各項指標的含量。因為葉綠體色素由葉綠素a、葉綠素b等物質組成，試液是多組分的混合溶液，在試液中分離這幾類物質的難度較大，且無必要。葉綠素a在645nm和663nm 處均有吸收，在645nm處吸光系數較小，為16.75，在663nm 處較大，為82.04；葉綠素b 在645nm和663nm 處亦都有吸收，但在645nm處吸光系數較大，為45.60，在663nm 處較小，為9.27。由此可知：葉綠素a的吸收峰值出現在663nm 處，該吸收曲線延伸到645nm處，在此波長處的吸收系數不如在663 nm 處大，因此在計算公式中求算葉綠素a的含量時，需扣除葉綠素b在663nm和645nm 處的吸光度值，再進行計算。
標準分析方法要求，葉綠體色素提取液不可渾濁，在710nm或750nm波長下測量吸光度，其值應小于葉綠素a吸收峰的吸光度值的5％，否則應重新過濾。假定樣品在663nm處的吸光度值為0.03，則在750nm處的吸光度值不得大于0.0015，對試液的清澈程度要求很高，測量710nm或750nm的目的是避免懸浮物質的干擾，一般測量水中的渾濁度所采用的波長為680nm，為避免在680nm處仍有葉綠素a產生的吸收值，故將測量渾濁度的波長選在710nm以上。在計算公式中，凡參與計算的各吸光度值都應減去710nm處的吸光度值，以扣除懸浮物質的干擾。
采用分光光度法測定葉綠素含量，對測量儀器分光光度計的波長精確度要求較高。如果波長與原吸收峰波長相差1nm，則葉綠素a的測定誤差為2％，葉綠素b為19％，使用前必須對分光光度計的波長進行校正。校正方法除按儀器說明書外，還應以純的葉綠素a和b來校正。