1.內科療法
服用鎮靜解痙藥物，如口服1%普魯卡因溶液，舌下含硝酸甘油片，以及近年試用的鈣抗拮劑硝苯吡啶等可緩解癥狀。為防止睡眠時食物溢流入呼吸道，可用高枕或墊高床頭。
2.內鏡治療
近年來，隨著微創觀念的深入，新的醫療技術及設備不斷涌現，內鏡下治療賁門失遲緩癥得到廣泛應用，并取得很多新進展。傳統內鏡治療手段主要可包括內鏡下球囊擴張和支架植入治療、鏡下注射A型肉毒桿菌毒素以及內鏡下微波切開及硬化劑注射治療等。
3.經口內鏡下肌切開術（POEM）
治療賁門失遲緩癥，取得了良好的效果。POEM手術無皮膚切口，通過內鏡下賁門環形肌層切開，最大限度地恢復食管的生理功能并減少手術的并發癥，術后早期即可進食，95%的患者術后吞咽困難得到緩解，且反流性食管炎發生率低。由于POEM手術時間短，創傷小，恢復特別快，療效可靠，或許是目前治療賁門失弛緩癥的最佳選擇。
4.手術治療
對中、重度及傳統內鏡下治療效果不佳的病人應行手術治療。賁門肌層切開術（Heller手術）仍是目前最常用的術式。可經胸或經腹手術，也可在胸腔鏡或者腹腔鏡下完成。遠期并發癥主要是反流性食管炎，因而有不少人主張附加抗反流手術，如胃底包繞食管末端360度（Nissen手術）、270度（Belsey手術）、180度（Hill手術）或將胃底縫合在食管腹段和前壁（Dor手術）。