微生物代謝是指微生物吸收營養物質維持生命和增殖并降解基質的一系列化學反應過程，包括有機物的降解和微生物的增殖。在分解代謝中，有機物在微生物作用下，發生氧化、放熱和酶降解過程，使結構復雜的大分子降解；
合成代謝中，微生物利用營養物及分解代謝中釋放的能量，發生還原吸熱及酶的合成過程，使微生物生長增殖。內源呼吸是細胞質進行自身氧化并放出能量的過程，當有機物充足時，細胞質得到大量合成，而內源呼吸則并不顯著；
當缺乏營養時，則只能通過內源呼吸吸收氧化自身的細胞物質而獲得微生物生命活動所需的能量。
